Era kolonialisasi Hindia Belanda mulai berakhir bersamaan dengan masuknya Jepang ke wilayah Indonesia pada tahun 1942. Namun pada masa pendudukan Jepang hampir tidak ada perubahan yang mendasar dalam peraturan keimigrasian. Dengan kata lain, selama pendudukan Jepang, produk hukum keimigrasian Hindia Belanda masih digunakan. Eksistensi pentingnya peraturan keimigrasian mencapai momentumnya pada saat Indonesia memproklamirkan kemerdekaanya pada 17 Agustus 1945.Ada 4 (empat) peristiwa penting pasca proklamasi kemerdekaan Republik Indonesia yang terkait dengan keimigrasian, yaitu : (1) Repatriasi APWI dan serdadu Jepang; dalam peristiwa ini ditandai dengan pengangkutan ex APWI dan pelucutan serta pengangkutan serdadu Jepang di Jawa Tengah khususnya, di pulau Jawa dan Indonesia umumnya yang ditangani oleh Panitia Oeroesan Pengangkoetan Djepang (POPDA); (2) Kegiatan barter, pembelian senjata dan pesawat terbang; pada masa Revolusi Kemerdekaan para pejuang sering bepergian ke luar negeri, misal masuk ke Singapore dan Malaysia, masih tanpa paspor; (3) Perjuangan Diplomasi; diawali dengan penyelenggaraan Inter Asian Conference di New Delhi. Dalam kesempatan itu Kementerian Luar Negeri Indonesia akhirnya berhasil mengeluarkan “Surat Keterangan dianggap sebagai paspor” sebagai dokumen perjalanan antar negara yang pertama setelah kemerdekaan bagi misi pemerintah Indonesia yang sah dalam konferensi tersebut. Delegasi Indonesia yang dipimpin oleh H. Agus Salim ikut memperkenalkan “Paspor Diplomatik” pemerintah Indonesia kepada dunia Internasional; dan (4) Keimigrasian di Aceh; Aceh sebagai satu-satunya wilayah Indonesia yang tidak pernah diduduki Belanda, sejak tahun 1945 telah mendirikan kantor imigrasi di lima kota dan terus beroperasi selama masa revolusi kemerdekaan. Pendirian kantor imigrasi di Aceh sejak tahun 1945 adalah oleh Amirudin. Peristiwa cukup penting pada masa ini, Jawatan Imigrasi yang sejak semula di bawah Departemen Kehakiman, pada tahun 1947 pernah beralih menjadi di bawah kekuasaan Departemen Luar Negeri.Selain itu, untuk mengatasi kevakuman hukum, peraturan perundang-undangan keimigrasian produk pemerintah Hindia Belanda harus dicabut dan digantikan dengan produk hukum yang selaras dengan jiwa kemerdekaan. Selama masa revolusi kemerdekaan ada dua produk hukum Hindia Belanda yang terkait dengan keimigrasian dicabut, yaitu (a) Toelatings Besluit (1916) diubah menjadi Penetapan Ijin Masuk (PIM) yang dimasukkan dalam Lembaran Negara Nomor 330 Tahun 1949, dan (b) Toelatings Ordonnantie (1917) diubah menjadi Ordonansi Ijin Masuk (OIM) dalam Lembaran Negara Nomor 331 Tahun 1949. Selama masa revolusi kemerdekaan lembaga keimigrasian masih menggunakan struktur organisasi dan tata kerja dinas imigrasi (Immigratie Dients) peninggalan Hindia Belanda.

Era Republik Indonesia Serikat merupakan momen puncak dari sejarah panjang perjalanan pembentukan lembaga keimigrasian di Indonesia. Di era inilah dinas imigrasi produk Hindia Belanda diserahterimakan kepada pemerintah Indonesia pada tanggal 26 Januari 1950. Struktur organisasi dan tata kerja serta beberapa produk hukum pemerintah Hindia Belanda terkait keimigrasian masih dipergunakan sepanjang tidak bertentangan dengan kepentingan bangsa Indonesia. Kepala Jawatan Imigrasi untuk pertama kalinya dipegang oleh putra pribumi, yaitu Mr. H.J Adiwinata. Struktur organisasi jawatan imigrasi meneruskan struktur immigratie dients yang lama, sedangkan susunan jawatan imigrasi masih seder hana dan berada dalam koordinasi Menteri Kehakiman, baik operasional-taktis, administratif, maupun organisatoris.Pada permulaan tahun 1950, sebagai bangsa yang baru merdeka dan masih dalam suasana pergolakan, tentunya sarana dan prasarana penunjang jawatan imigrasi pada saat itu masih sangat terbatas dan sederhana. Kesulitan yang dirasakan sangat mendasar adalah masih sangat sedikitnya putra pribumi yang memahami tugas dan fungsi keimigrasian. Untuk itu, sebagai bagian dari periode transisi, jawatan imigrasi masih menggunakan pegawai berkebangsaan Belanda. Dari 459 orang yang bekerja di jawatan imigrasi di seluruh Indonesia, 160 orang adalah orang Belanda. Peraturan perundang-undangan yang dipakai sebagai dasar oleh jawatan imigrasi RIS adalah masih warisan dari Pemerintah Hindia Belanda, yaitu: (a) Indische Staatsregeling, (b) Toelatings Besluit, (c) Toelatings Ordonnantie.Dalam masa yang relatif singkat, jawatan imigrasi pada era Republik Indonesia Serikat telah menerbitkan 3 (tiga) produk hukum, yaitu (a) Keputusan Menteri Kehakiman RIS Nomor JZ/239/12 tanggal 12 Juli 1950 yang mengatur mengenai pelaporan penumpang kepada pimpinan bea cukai apabila mendarat di pelabuhan yang belum ditetapkan secara resmi sebagai pelabuhan pendaratan, (b) Undang-Undang Darurat RIS Nomor 40 Tahun 1950 tentang Surat Perjalanan Republik Indonesia, dan (c) Undang- Undang Darurat RIS Nomor 42 Tahun 1950 tentang Bea Imigrasi (Lembaran Negara Tahun 1950 Nomor 84, Tambahan Lembaran Negara Nomor 77).

Periode krusial pada era Republik Indonesia Serikat berlanjut pada Era Demokrasi Parlementer, yang salah satunya terkait dengan berakhirnya kontrak kerja pegawai keturunan Belanda pada akhir tahun 1952. Berakhirnya kontrak kerja mereka menjadi persoalan penting karena pada saat itu pemerintah Indonesia sedang bergerak cepat mengembangkan jawatan imigrasi. Pada periode 1950-1960 jawatan imigrasi berusaha membuka kantor-kantor dan kantor cabang imigrasi, serta penunjukan pelabuhan-pelabuhan pendaratan yang baru.Pada dasawarsa imigrasi tepatnya 26 Januari 1960, jawatan imigrasi telah berhasil mengembangkan organisasinya dengan pembentukan Kantor Pusat Jawatan Imigrasi di Jakarta, 26 kantor imigrasi daerah, 3 kantor cabang imigrasi, 1 kantor inspektorat imigrasi dan 7 pos imigrasi di luar negeri. Di bidang sumber daya manusia (SDM) keimigrasian, pada bulan Januari 1960 jumlah total pegawai jawatan imigrasi telah meningkat menjadi 1256 orang yang kesemuanya putra-putri Indonesia, mencakup pejabat administratif dan pejabat teknis keimigrasian.Di bidang pengaturan keimigrasian, mulai periode ini pemerintah Indonesia memiliki kebebasan untuk mengubah kebijaksanaan opendeur politiek imigrasi kolonial menjadi kebijaksanaan yang sifatnya selektif atau saringan (selective policy). Kebijakan selektif didasarkan pada perlindungan kepentingan nasional dan lebih menekankan prinsip pemberian perlindungan yang lebih besar kepada warga negara Indonesia. Pendekatan yang dipergunakan dan dilaksanakan secara simultan meliputi pendekatan kesejahteraan (prosperity approach) dan pendekatan keamanan (security approach). Beberapa pengaturan keimigrasian antara lain yang diterbitkan: (1) pengaturan lalu lintas keimigrasian; yaitu pemeriksaan dokumen keimigrasian penumpang dan crew kapal laut yang dari luar negeri dilakukan di atas kapal selama pelayaran kapal, (2) Pengaturan di bidang kependudukan orang asing, dengan disahkannya Undang Undang Darurat Nomor 9 Tahun 1955 tentang Kependudukan Orang Asing (Lembaran Negara Tahun 1955 Nomor 33, Tambahan Lembaran Negara Nomor 812), (3) Pengaturan di bidang pengawasan orang asing, dengan disahkannya Undang?Undang Darurat Nomor 9 Tahun 1953 tentang Pengawasan Orang Asing (Lembaran Negara Tahun 1953 Nomor 64, Tambahan Lembaran Negara Nomor 463), (4) Pengaturan mengenai delik/perbuatan pidana/peristiwa pidana/tindak pidana di bidang keimigrasian, dengan disahkannya Undang?Undang Darurat Nomor 8 Darurat Tahun 1955 tentang Tindak Pidana Imigrasi (Lembaran Negara Tahun 1955 Nomor 28, Tambahan Lembaran Negara Nomor 807), (5) Pengaturan di bidang kewarganegaraan, pada periode ini disahkan produk perundangan penting mengenai kewarganegaraan yakni Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1958 tentang Persetujuan Antara Republik Indonesia Dan Republik Rakyat Tiongkok Mengenai Soal Dwikewarganegaraan (Lembaran Negara Tahun 1958 Nomor), (6), dan Undang-Undang Nomor 62 Tahun 1958 tentang Kewarganegaraan Republik Indonesia (Lembaran Negara Tahun 1958 Nomor 113, Tambahan Lembaran Negara Nomor 1647), (7) Masalah kewarganegaraan turunan Cina, (8) Pelaksanaan Pendaftaran Orang Asing (POA).Selain itu pada era ini, produk hukum yang terkait dengan keimigrasian juga secara bertahap mulai dibenahi, seperti visa, paspor dan surat jalan antar negara, penanganan tindak pidana keimigrasian, pendaftaran orang asing, dan kewarganegaraan. Salah satu produk hukum penting yang dikeluarkan selama era Demokrasi Parlementer adalah penggantian Paspor Regelings (1918) menjadi Undang-Undang Nomor 14 tahun 1959 tentang Surat Perjalanan Republik Indonesia (Lembaran Negara Tahun 1959 Nomor 56, Tambahan Lembaran Negara Nomor 1799).

Era pemerintahan Orde Baru adalah yang terpanjang sejak Indonesia merdeka. Masa pemerintahan yang cukup panjang tersebut turut memberikan kontribusi besar terhadap pemantapan lembaga keimigrasian, walaupun dalam pelaksanaannya mengalami beberapa kali penggantian induk organisasi. Stabilitas politik dan pertumbuhan ekonomi yang relatif tinggi selama era Orde Baru mendorong lembaga keimigrasian di Indonesia untuk semakin berkembang dan profesional dalam melayani masyarakat. Pada era ini terjadi beberapa kali perubahan organisasi kabinet dan pembagian tugas departemen, yang pada gilirannya membawa perubahan terhadap organisasi jajaran imigrasi. Pada tanggal 3 November 1966 ditetapkan kebijakan tentang Struktur Organisasi dan Pembagian Tugas Departemen, yang mengubah kelembagaan Direktorat Imigrasi sebagai salah satu pelaksana utama Departemen Kehakiman menjadi Direktorat Jenderal Imigrasi yang dipimpin oleh Direktur Jenderal Imigrasi. Perubahan inipun berlanjut dengan pembangunan sarana fisik di lingkungan Direktorat Jenderal Imigrasi yang luas. Pembangunan gedung kantor, rumah dinas, pos imigrasi maupun asrama tahanan dijalankan tahun demi tahun. Di bidang SDM dan pembinaan karier, sistem penempatan dan pembinaan karier pegawai yang direkrut Direktorat Jenderal Imigrasi yang zig zag, tidak terpaku di satu pos, diteruskan. Sistem pembinaan karir di bidang imigrasi juga terus disempurnakan dengan tetap mengedepankan prinsip profesionalisme dan keadilan.Beban kerja yang semakin meningkat dan kebutuhan akan akurasi data, mendorong Direktorat Jenderal Imigrasi untuk segera menerapkan sistem komputerisasi di bidang imigrasi. Pada awal tahun 1978 untuk pertama kalinya dibangunlah sistem komputerisasi di Direktorat Jenderal Imigrasi, sedangkan penggunaan komputer pada sistem informasi keimigrasian dimulai pada tanggal 1 Januari 1979.Di bidang peraturan perundangan keimigrasian pada masa Orde Baru, dalam rangka mendukung program Pembangunan Nasional Pemerintah, banyak produk regulasi keimigrasian yang dibuat untuk mengifisienkan pelayanan keimigrasian dan/atau untuk mendukung berbagai sektor pembangunan, antara lain pengaturan terkait: (1) pelayanan jasa keimigrasian, (2) penyelesaian dokumen pendaratan di atas pesawat jemaah haji 1974, (3) penyelesaian pemeriksaan dokumen di pesawat garuda Jakarta-Tokyo, (4) perbaikan kualitas cetak paspor, (5) pengaturan masalah lintas batas, (6) pengaturan dispensasi fasilitas keimigrasian, (7) penanganan TKI gelap di daerah perbatasan, (8) pengaturan penyelenggaraan umroh, (9) pengaturan masalah pencegahan dan penangkalan, (10) pengaturan keimigrasian di sektor ketenagakerjaan, (11) pengaturan visa tahun 1979, (12) masalah orang asing yang masuk ke dan atau tinggal di wilayah Indonesia secara tidak sah, (13) penghapusan exit permit bagi WNI.Di masa Orde Baru ini yang tidak bisa dilupakan adalah lahirnya Undang-Undang Keimigrasian baru yaitu Undang Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1992 Nomor 33, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3474), yang disahkan oleh DPR pada tangal 4 Maret 1992. Undang Undang Keimigrasian ini selain merupakan hasil peninjauan kembali terhadap berbagai peraturan perundang-undangan sebelumnya yang sebagian merupakan peninggalan dari Pemerintah Hindia Belanda, juga menyatukan/mengkompilasi substansi peraturan perundang-undangan keimigrasian yang tersebar dalam berbagai produk peraturan perundangan keimigrasian sebelumnya hingga berlakunya Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992.Lahirnya Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992 ini diikuti dengan ditetapkannya Peraturan Pemerintah sebagai pelaksanaannya dalam: (1) Peraturan Pemerintah Nomor 30 Tahun 1994 tentang Tata Cara Pelaksanaan Pencegahan dan Penangkalan (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1994 Nomor 53, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3561), (2) Peraturan Pemerintah Nomor 31 Tahun 1994 tentang Pengawasan Orang Asing dan Tindakan Keimigrasian (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1994 Nomor 54, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3562), (3) Peraturan Pemerintah Nomor 32 Tahun 1994 tentang Visa, Izin Masuk, dan Izin Keimigrasian (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1994 Nomor 55, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3563), dan Peraturan Pemerintah Nomor 36 Tahun 1994 tentang Surat Pejalanan Republik Indonesia (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1994 Nomor 65, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3572).

Krisis ekonomi 1997 telah mengakhiri periode panjang era Orde Baru dan memasuki era reformasi. Aspirasi yang hidup dalam masyarakat, menginginkan komitmen yang kuat terhadap nilai-nilai Hak Asasi Manusia (HAM), tegaknya hukum dan keadilan, pemberantasan KKN, dan demokratisasi, tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), transparansi, dan akuntabel terus didengungkan, termasuk diantaranya tuntutan percepatan otonomi daerah.Sementara itu globalisasi informasi membuat dunia menyatu tanpa batas, mendorong negara-negara maju (WTO) untuk menjadikan dunia berfungsi sebagai sebuah pasar bebas mulai tahun 2000, serta mengutamakan perlindungan dan penegakam HAM serta demokratisasi. Arus globalisasi juga mengakibatkan semakin sempitnya batas-batas wilayah suatu negara (bordeless countries) dan mendorong semakin meningkatnya intensitas lalulintas orang antarnegara. Hal ini telah menimbulkan berbagai permasalahan di berbagai negara termasuk Indonesia yang letak geografisnya sangat strategis, yang pada gilirannya berpengaruh pada kehidupan masyarakat Indonesia serta bidang tugas keimigrasian. Dalam operasional di lapangan ditemukan beberapa permasalahan menyangkut orang asing yang memerlukan penanganan lebih lanjut. Lingkungan strategis global maupun domestik berkembang demikian cepat, sehingga menuntut semua perangkat birokrasi pemerintahan, termasuk keimigrasian di Indonesia untuk cepat tanggap dan responsif terhadap dinamika tersebut. Sebagai contoh, implementasi kerja sama ekonomi regional telah mempermudah lalu lintas perjalanan warga negara Indonesia maupun warga negara asing untuk keluar atau masuk ke wilayah Indonesia. Lonjakan perjalanan keluar atau masuk ke wilayah Indonesia tentu membutuhkan sistem manajamen dan pelayanan yang semakin handal dan akurat. Tugas keimigrasian saat ini semakin berat seiring dengan semakin maraknya masalah terorisme dan pelarian para pelaku tindak pidana ke luar negeri. Untuk mengatasi dinamika lingkungan strategis yang bergerak semakin cepat, bidang keimigrasian dituntut mengantispasi dengan berbagai peraturan perundang-undangan dan sarana-prasarana yang semakin canggih. Peraturan dan kebijakan keimigrasan juga harus responsif terhadap pergeseran tuntutan paradigma fungsi keimigrasian. Jika sebelumnya paradigma fungsi keimigrasian dalam pelaksanaan Undang Undang Nomor 9 Tahun 1992 lebih menekankan efisiensi pelayanan untuk mendukung isu pasar bebas yang bersifat global, namun kurang memperhatikan fungsi penegakan hukum dan fungsi sekuriti, mulai pada era ini harus diimbangi dengan fungsi keamanan dan penegakan hukum.Dalam menghadapi masalah dan perkembangan dalam dan luar negeri tersebut, Direktorat Jenderal Imigrasi pada Era Reformasi ini telah melakukan beberapa program kerja sebagai berikut:a. Penyempurnaan Peraturan Perundang-UndanganPemerintah memperbaharui Undang-Undang Nomor 9 Tahun 1992 tentang Keimigrasian. Hal ini berdasarkan beberapa perkembangan yang perlu diantisipasi, yakni: (1) Letak geografis wilayah Indonesia (kompleksitas permasalahan antar negara), (2) Perjanjian internasional/konvensi internasional yang berdampak terhadap pelaksanaan fungsi keimigrasian, (3) Meningkatnya kejahatan internasional dan transnasional, (4) Pengaturan mengenai deteni dan batas waktu terdeteni belum dilakukan secara komprehensif, (5) Pendekatan sistematis fungsi keimigrasian yang spesifik dan universal dengan memanfaatkan teknologi informasi dan komunikasi yang modern, (6) Penempatan struktur kantor imigrasi dan rumah detensi imigrasi sebagai unit pelaksana teknis di bawah Direktorat Jenderal Imigrasi, (7) Perubahan sistem kewarganegaraan berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2006 tentang Kewarganegaraan Republik Indonesia, (8) Hak kedaulatan negara sesuai prinsip timbal balik (resiprositas) mengenai pemberian visa terhadap orang asing, (9) Kesepakatan dalam rangka harmonisasi dan standarisasi sistem dan jenis pengamanan dokumen perjalanan secara internasional, (10) Penegakan hukum keimigrasian belum efektif sehingga kebijakan pemidanaan perlu mencantumkan pidana minimum terhadap tindak pidana penyelundupan manusia, (11) Memperluas subyek pelaku tindak pidana Keimigrasian, sehingga mencakup tidak hanya orang perseorangan tetapi juga korporasi serta penjamin masuknya orang asing ke wilayah indonesia yang melanggar ketentuan keimigrasian, (12) Penerapan sanksi pidana yg lebih berat terhadap orang asing yang melanggar peraturan di bidang keimigrasian karena selama ini belum menimbulkan efek jera.